Trước hết, việc xóa bỏ phương thức tạm thu thuế TNDN như hiện nay là hoàn toàn hợp lý. Bởi lẽ, việc tạm thu thuế TNDN chứa trong nó những vô lý đến không thể giải thích được như: Thuế TNDN được xác định trên cơ sở một "kế hoạch kinh doanh" hoàn toàn thiếu căn cứ; thuế TNDN phát sinh trước khi có kết quả sản xuất kinh doanh; khoản thuế TNDN tạm nộp luôn luôn bị treo trong sổ kế toán vì việc quyết toán thuế với DN của cơ quan thuế không được thực hiện hàng năm, phổ biến là sau 2 - 3 năm, thậm chí có trường hợp đến 5 năm. Từ đó, trong trường hợp, khi quyết toán thuế, DN không phải nộp thuế TNDN thì về bản chất, khoản tạm nộp là một khoản DN buộc phải cho nhà nước "vay" mà không được tính lãi. Hơn nữa, do số tạm nộp không được xác định trên một căn cứ khoa học nào cho nên, cứ vào đầu năm, khi các DN phải nộp Tờ khai thuế TNDN tạm tính là xảy ra những tranh cãi không có trọng tài giữa cán bộ thuế và các DN, không ít tiêu cực phát sinh từ đó...

Sau nhiều năm trong quá trình đổi mới, việc quản lý thuế ở nước ta đã có những tiến bộ đáng kể. Cơ chế "cán bộ chuyên quản" - cái nôi của nạn tham nhũng trong cán bộ, công chức thuế - đã bị xóa bỏ. Tuy nhiên, với việc tự khai, tự nộp thuế TNDN, để tránh những hậu quả xấu có thể xảy ra vẫn cần những điều kiện quan trọng.

Về phía các DN, nhận thức đúng tầm quan trọng của công tác kế toán, củng cố công tác kế toán DN, thường xuyên đào tạo nâng cao kiến thức chuyên môn cho đội ngũ kế toán cùng với một chế độ đãi ngộ xứng đáng cho họ là điều kiện trước hết. Đây có thể coi là điều kiện cần để cơ chế tự khai tự nộp thuế TNDN đi vào cuộc sống và hạn chế tác động tiêu cực của nó.

Các văn bản hướng dẫn thi hành Luật thuế TNDN, trong đó, đặc biệt quan trọng là Thông tư hướng dẫn của Bộ Tài chính phải bảo đảm cụ thể hơn, chi tiết hơn, giúp các DN dễ dàng xác định chỉ tiêu thu nhập chịu thuế và số thuế phải nộp từng kỳ.

Việc kiểm tra, thanh tra thuế cũng cần công bố một cách minh bạch. Cần có quy định về thời hạn của việc kiểm tra, thanh tra. Không thể để quá lâu (3 - 5 năm) cán bộ thanh tra mới đến kiểm tra, thanh tra tại DN hoặc tùy tiện lúc nào thấy thuận lợi thì đến kiểm tra, thanh tra, đẩy mọi khó khăn cho DN .

Cuối cùng, cần có những biện pháp kiên quyết và có hiệu quả để chống tham nhũng trong lực lượng cán bộ, công chức thuế.