Vốn thực tế hoạt động của các DN đầu tư trực tiếp nước ngoài trong lĩnh vực nông lâm nghiệp còn rất thấp so với vốn đăng ký kinh doanh. Ông Lai Chang An – Giám đốc Cty TNHH Trương Thái Việt Nam - Bảo Lâm – Lâm Đồng (nhà đầu tư của Đài Loan) cho biết, DN của ông năm 2004 đăng ký kinh doanh với mức vốn là 1 triệu USD nhưng đến hết năm 2006 mới chỉ đầu tư được 570 ngàn USD. Còn Ông Huang Cai Fang – Giám đốc Cty TNHH Nông súc Trực Điền (nhà đầu tư của Hàn Quốc) cho biết, Cty của ông đăng ký kinh doanh từ năm 2000 với tổng vốn đăng ký là 8.08 tỷ đồng. Năm 2002, DN bắt đầu thực hiện đầu tư vốn và đến năm 2005 mới đầu tư được khoảng 6 tỷ đồng.

Nguyên nhân của tình trạng trên chính là do công tác tổ chức triển khai chậm. Nhiều DN đang trong giai đoạn đầu tư thăm dò thị trường tiêu thụ cũng như lựa chọn công nghệ thích hợp vào Việt Nam. Một số DN khác lại không tiến hành giải ngân được do khâu giải phóng mặt bằng chậm và thủ tục hành chính quá rườm rà, phức tạp.

Theo sự phản ảnh của các nhà đầu tư, riêng việc cấp đất đã có tới 15 - 20 thủ tục (Giấy phép còn liên quan đến nhiều cơ quan và người dân), đặc biệt khó khăn là việc giải phóng mặt bằng, giải quyết tranh chấp đất đai... Nhiều nhà đầu tư muốn có đất phải thương lượng với dân trong khi các cơ quan quản lý có trách nhiệm lại thờ ơ, sợ chịu trách nhiệm nên đùn đẩy cho nhau, dẫn đến kéo dài thời gian triển khai dự án. Cũng theo các nhà đầu tư để có đất bình quân các DN phải mất thời  gian từ 1- 2 năm, thậm chí có DN phải mất 3- 4 năm. Nhiều dự án thực hiện giải ngân vốn chậm cũng có nguyên nhân từ thủ tục đất đai phiền hà, sách nhiễu. Ví dụ Cty TNHH TFB Việt Nam xin đăng ký kinh doanh sản xuất chè Ô Long ở Hà Giang đã được cấp phép và đất đai sản xuất chè từ năm 2004, nhưng cho đến năm 2007 vẫn chưa được giao đất. Nguyên nhân chính là không giải phóng được mặt bằng do người dân không chịu giao đất cho Nhà nước, trong khi cơ quan chức năng phó mặc cho DN tự giải quyết.

Còn Ông Phạm Minh Trí – Giám đốc nhân sự Cty TNHH Cargill (Đồng Nai) cho biết: "thủ tục đầu tư rất rườm rà phức tạp, không thống nhất giữa các địa phương, thậm chí hồ sơ được duyệt ở tỉnh này nhưng khi mang một bộ hồ sơ tương tự như vậy đến tỉnh khác lại không được duyệt, điều này đã làm chậm tiến độ đầu tư của DN”. Như vậy, có thể nói rằng tốc độ triển khai các dự án chậm không chỉ do phía DN mà còn có cả những bất cập từ phía các địa phương.

Khó khăn tiếp theo của các DN địa phương chính là khả năng trang bị và đầu tư công nghệ dẫn đến năng suất lao động thấp, chất lượng sản phẩm không cao. Kết quả là đa phần các DN này chỉ đảm nhận các hoạt động như thu gom, đóng gói, vận chuyển, sơ chế những công việc khá là đơn giản không đòi hỏi công nghệ cao, giá trị gia tăng thấp.