Tính về giá trị vật chất mang lại, 1 héc ta đất trong các KCN - KCX mới chỉ mang lại bình quân 3,5 triệu đô la Mỹ/năm trong khi lẽ ra phải mang lại hàng chục, thậm chí cả trăm triệu đô la Mỹ/năm như ở các nước khác trong khu vực. Bên cạnh đó còn không ít hạn chế khác như việc thành lập mới, mở rộng các KCN tại một số địa phương chưa căn cứ trên khả năng thu hút đầu tư thực tế, nói cách khác là “vẽ ra” nhằm nhiều mục đích khác nhau, kể cả để lấy đất của dân; quy hoạch KCN còn mang nặng tư duy cục bộ địa phương, chưa chú trọng tới lợi ích quốc gia, tới trình độ công nghệ và môi trường. Do đó, công nghệ cao trong các KCN còn hạn chế, nhiều KCN có chất lượng môi trường kém, ảnh hưởng xấu đến môi trường xung quanh.

Tuy nhiên, hạn chế lớn nhất có lẽ là việc phát triển các KCN đã không được gắn kết trong một chiến lược phát triển kinh tế vùng. Mỗi địa phương chạy đua phát triển KCN theo ý riêng của mình, thậm chí cạnh tranh với địa phương bên cạnh nhằm vận động, tranh thủ sự hỗ trợ, đầu tư ngân sách từ trung ương. Chính điều đó làm cho đồng vốn đầu tư vốn đã không dồi dào của quốc gia bị phân tán, manh mún, không tạo được hiệu quả mong muốn, thậm chí là lãng phí. Nó cũng làm cho nền công nghiệp, nền kinh tế bị phân tán theo địa giới hành chính và không kết nối được với nhau thành vùng công nghiệp, vùng kinh tế với những thế mạnh riêng, giúp cả vùng cùng phát triển. Theo Chủ tịch UBND TPHCM Lê Hoàng Quân, TPHCM và các tỉnh lân cận như Đồng Nai, Bình Dương... có hàng trăm KCN - KCX. Tuy nhiên, do phát triển một cách tự phát nên phần lớn các KCN gần như không được kết nối với kinh tế - xã hội trong vùng, không gắn với mạng lưới các trường đại học, trường đào tạo nghề, và khiến cho công nghiệp phụ trợ phát triển rất kém.

Thực ra tình trạng manh mún, không gắn với chiến lược phát triển kinh tế vùng không chỉ diễn ra trong lĩnh vực xây dựng các KCN mà cả trong nhiều lĩnh vực khác, từ đầu tư cơ sở hạ tầng như xây sân bay, cảng biển đến đầu tư cho giáo dục đào tạo như xây dựng các trường đại học. Địa phương nào cũng muốn có mọi thứ, rốt cuộc là không ai mạnh, vì nguồn lực quốc gia, từ vốn vật chất tới vốn con người có hạn mà lại bị phân tán. Hoặc trong lĩnh vực bảo vệ môi trường như bảo vệ lưu vực một con sông hay một vùng sinh thái, sự chia cắt quản lý theo địa giới hành chính chứ không phải quản lý theo vùng đã khiến cho việc bảo vệ môi trường một lưu vực sông trở thành bất khả thi.

Do đó, có lẽ đã đến lúc không nên dừng lại ở những lời kêu gọi phối hợp chung chung giữa các địa phương mà phải có chiến lược thực sự về kinh tế vùng và có những thiết chế có đủ thẩm quyền, đủ hiệu năng quản lý những ngành kinh tế nhất định theo vùng chứ không theo địa giới hành chính.